Les aus constitueixen un dels grups més ben representats als estanys de Sils. No debades el seu caràcter d'espai humit fa que siguin moltes les espècies migratòries que hi fan aturades al llarg del seus viatges per tal d'arrecerar-s'hi i cercar-hi aliment. Altres, en canvi, utilitzen aquests estanys com a indret per a la reproducció. En tots els casos, però, el nombre i diversitat d'ocells que fan ús de la zona està en funció del seu grau d'embassament, de tal manera que hom ha observat importants variacions de la composició faunística al llarg dels anys i de les èpoques.

Com a espècies nidificants lligades als ambients aquàtics cal esmentar-hi el cabusset (Tachybaptus ruficollis) -força comú-, el martinet menut (Ixobrychus minutus), el xarrasclet (Anas querquedula) i el corriol petit (Charadrius dubius). Dins del grup dels grans camallargs, hom hi destaca també la presència del bernat pescaire (Ardea cinerea), l'agró roig (Ardea purpurea), el martinet de nit (Nycticorax nycticorax), el martinet blanc (Egretta garzetta) i el bitó (Botaurus stellaris). Entre els ànecs, a banda de l'habitual collverd (Anas platyrhynchos), hi podem observar el xarxet (Anas crecca), l'ànec xiulador (Anas penelope), l'ànec cuallarg (Anas acuta), l'ànec griset (Anas strepera) i l'ànec cap-roig (Aythya ferina). La fotja (Fulica atra), la polla d'aigua (Gallinula chloropus) i el rascló (Rallus aquaticus) són altres espècies d'ambients palustres que es troben tot l'any a la zona.

Entre les aus limícoles que utilitzen els estanys de Sils com a indret de recés al llarg de les seves migracions cal citar-hi el cames-llargues (Himantopus himantopus) -el qual possiblement nidificaria si se li donessin unes adequades condicions-, el becadell (Gallinago gallinago) i el becadell sord (Lymnocryptes minimus), el territ menut (Calidris minuta), la xivitona (Actitis hypoleucos) i la xivita (Tringa ochropus), la gamba roja (Tringa totanus), la gamba roja pintada (Tringa erythropus) i la gamba verda (Tringa nebularia), el batallaire (Philomachus pugnax) i el tètol cuanegre (Limosa limosa), entre altres. Als herbassars i als prats de dall hi són també comuns durant l'hivern ocells com la fredeluga (Vanellus vanellus) i la daurada (Pluvialis apricaria).

L'arpella (Circus aeruginosus), les cueretes (Motacilla sp.), el blauet (Alcedo atthis) i els petits ocells de canyís, completen una llarga llista d'espècies d'aus que donen vida i vistosistat a aquesta zona humida. Una altra de les particularitats faunístiques dels estanys de Sils és la presència de poblacions relictes de tortuga d'estany (Emys orbicularis). Els amfibis, pel caràcter intrínsec de l'àrea, hi són igualment abundosos, així com el invertebrats que exploten els herbassars i els sistemes aquàtics. D'aquests, esmentem-hi els ortòpters, les papallones i els odonats, entre els últims amb espècies tan atractives com la senyoreta (Calopterix virgo).