La vegetació de les illes Medes, pel que fa a la part emergida, es caracteritza per estar adaptada a unes condicions d'elevada salinitat, a l'abundància de components nitrogenats fruit de les dejeccions dels ocells, així com a la rigorositat de les ventades, la migradesa del sòl i l'abruptesa dels pendents.

L'element arbori, que es localitza bàsicament a la part sud-occidental de la Meda Gran, és representat per l'ullastre (Olea europaea var. sylvestris), la figuera (Ficus carica) -capaç d'arrelar en qualsevol escletxa de la roca-, el garrofer (Ceratoria siliqua) i l'ailant (Ailanthus altissima). Pel que fa als arbustos, als indrets de mitjana pendent tant de la Meda Gran com de la Meda Petita hi creix el salat blanc (Atriplex halimus). El garric (Quercus coccifera) i el llentiscle (Pistacia lentiscus) són també espècies que s'observen a la zona, restes d'antics ambients de màquia i garriga. Com a plantes d'una certa aparença que hom veu sense necessitat de descendir a les Medes, esmentem la figuera de moro (Opuntia ficus-indica) i l'atzavara (Agave americana), ambdues introduïdes per l'home.

L'estrat herbaci pren predomini als vessants més humits de nord i de ponent, així com als relleixos de les roques. Aquí hi trobem, entre d'altres, el fenàs de marge (Brachypodium phoenicoides), el llistó (Brachypodium retusum) i el crespinell gros (Sedum sediforme). Als espais poc o molt femats pels gavians hi creixen amb força els blets (Chenopodium sp.), l'herba molla (Atriplex hastata), el cap-blanc (Alyssum maritimum), la malva gran (Lavatera arborea) i la blenera (Verbascum boerhavii). Si el que domina són en canvi les condicions de salinitat, hi fan arrels espècies com el salat (Suaeda maritima), l'ensopeguera (Limonium minutum) o el fonoll marí (Crithmum maritimum).

Als ambients marins, els elements vegetals es poden relacionar segons la fondària en la qual es desenvolupen. Per damunt de la superfície de l'aigua i on arriben els esquitxos, s'hi estén la verrucària (Verrucaria amphibia), liquen que fa unes taques negroses a la roca. A la zona banyada per les ones s'hi desenvolupa la cornisa de l'espècie Lithophyllum lichenoides, concreció d'algues calcàries que pot assolir gruixos considerables. Als espais en tot temps submergits on la llum hi arriba amb intensitat, hi trobem algues com l'enciam de mar (Ulva rigida), el pèl salper (Cystoseira mediterranea), la padina (Padina pavonica) o els códiums (Codium sp.). És en aquesta zona però en fons de sorra, on s'hi desenvolupa la posidònia (Posidonia oceanica), planta superior que forma uns característics herbeis. A més fondària, allà on regna la penombra, s'hi fan un bon nombre d'algues alcàries com ara Mesophyllum lichenoides o Lithophyllum expansum, de bonics colors rosats i naturalesa incrustant.